58. Współrzędne wewnętrzne i kartezjańskie wybranych modeli cząsteczkowych

Współrzędne wewnętrzne

Poniższe dane należy skopiować do edytora tekstowego i zapisać w pliku pod wybraną nazwą i rozszerzeniem mop np. wodor. mop. Tego typu pliki można otworzyć np. w programie 3D Viewer programu ChemSketch.

Współrzędne wewnętrzne w formacie programu MOPAC

1. Współrzędne wewnętrzne atomu wodoru:

0

0

0

H   0  0  0  0  0  0  0  0  0

0

2. Współrzędne wewnętrzne (macierz Z) cząsteczki wodoru:

0

Cząsteczka wodoru

0

H   0     0   0   0   0   0   0   0   0

H   0.74  0   0   0   0   0   1   0   0

0

3. Macierz Z dwutlenku węgla

0

0

0

O   0      0    0    0   0   0   0   0   0

C   1.16   0    0    0   0   0   1   0   0

O   1.16   0  180.0  0   0   0   2   1   0

0

4. Macierz Z (współrzędne wewnętrzne) cząsteczki wody

0

0

H

O   0.96   0    0    0    0    0   1   0   0

H   0.96   0  104.5  0    0    0   2   1   0

0

5. Macierz Z nadtlenku wodoru

0

Nadtlenek wodoru

0

H  0     0   0     0   0   0   0  0  0

O  0.95  0   0     0   0   0   1  0  0

O  1.47  0  94.8   0   0   0   2  1  0

H  0.95  0  94.8   0 115.5 0   3  2  1

0

6. Współrzędne wewnętrzne BF3

0

Cząsteczka trifluorku boru

0

F  0     0   0     0    0    0   0   0   0

B  1.31  0   0     0    0    0   1   0   0

F  1.31  0 120.0  0     0    0   2   1   0

F  1.31  0 120.0  0   180.0  0   2   3   1

0

7. Czterojonowa ściana kryształu chlorku sodu

0

Chlorek sodu NaCl fragment kryształu

0

Na   0      0    0    0   0     0  0   0   0

Cl   2.82   0    0    0   0     0  1   0   0

Na   2.82   0   90.0  0   0     0  2   1   0

Cl   2.82   0   90.0  0   0.0   0  3   2   1

0

8. Sześcienny fragment komórki elementarnej NaCl

0

0Sześcienny fragment kryształu NaCl

0

Na   0      0      0   0     0   0  0   0   0  

Cl   2.82   0      0   0     0   0  1   0   0

Na   2.82   0   90.0   0     0   0  2   1   0

Cl   2.82   0   90.0   0   0.0   0  3   2   1

Na   2.82   0   90.0   0  90.0   0  4   3   2

Cl   2.82   0   90.0   0   0.0   0  5   4   3

Na   2.82   0   90.0   0   0.0   0  2   3   6

Cl   2.82   0   90.0   0   0.0   0  7   6   5

0

 9. Współrzędne wewnętrzne cząsteczki metanu

0

Metan

0

H 0    0   0    0    0    0  0  0  0

C 1.0  0   0    0    0    0  1  0  0

H 1.0  0 109.5  0    0    0  2  1  0

H 1.0  0 109.5  0  120.0  0  2  1  3

H 1.0  0 109.5  0 -120.0  0  2  1  3

0

10. Cząsteczka 1,2-dichlorometanu bez atomów wodoru. Kąt dwuścienny

0

Fragment cząsteczki 1,2-dichloroetanu. Kąt dwuścienny K do ustalenia.

0

Cl  0    0    0     0   0   0   0   0   0

C   1.7  0    0     0   0   0   1   0   0

C   1.5  0  109.5   0   0   0   2   1   0

Cl  1.7  0  109.5   0   K   0   3   2   1

0

11. Pełny zbiór współrzędnych wewnętrznych cząsteczki ClCH2CH2Cl

0

Cząsteczka 1,2-dichloroetanu. Kąt dwuścienny K do ustalenia.

0

Cl  0    0    0     0   0   0   0   0   0

C   1.7  0    0     0   0   0   1   0   0

C   1.5  0  109.5   0   0   0   2   1   0

Cl  1.7  0  109.5   0   K   0   3   2   1

H   1.0  0  109.5   0  120  0   2   3   1

H   1.0  0  109.5   0 -120  0   2   3   1

H   1.0  0  109.5   0  120  0   3   2   4

H   1.0  0  109.5   0 -120  0   3   2   4

0

12. Atom pozorny XX we fragmencie cząsteczki chemicznej. Pod symbolem XX znajduje się duża litera O a nie cyfra zero.

0

Fragment cząsteczki z wprowadzonym atomem pozornym XX

0

C   0     0   0   0    0   0  0  0  0

C   1.5   0   0   0    0   0  1  0  0

N   1.4   0 120   0    0   0  2  1  0

XX  1.    0  90   0    0   0  3  2  1

O   1.4   0  90   0  180   0  3  4  2

0

Współrzędne kartezjańskie w formacie programu MOPAC

1. Współrzędne xyz cząsteczki wodoru

0

Cząsteczka wodoru

0

H  0.0   1  0.0  1   0.0  1

H  0.74  1  0.0  1   0.0  1

0

2. Fragment kryształu chlorku sodu

0

Sześcienny fragment kryształu NaCl

0

Na  0.00  0  0.00   0  0.00  0

Cl  2.82  0  0.00   0  0.00  0

Na  2.82  0  2.82   0  0.00  0

Cl  0.00  0  2.82   0  0.00  0

Na  0.00  0  2.82   0  2.82  0

Cl  0.00  0  0.00   0  2.82  0

Na  2.82  0  0.00   0  2.82  0

Cl  2.82  0  2.82   0  2.82  0

0

3. Komórka elementarna kryształu żelaza

0

Komórka elementarna kryształu żelaza

0

Fe  0.00  0  0.00   0  0.00  0

Fe  2.86  0  0.00   0  0.00  0

Fe  2.86  0  2.86   0  0.00  0

Fe  0.00  0  2.86   0  0.00  0

Fe  0.00  0  2.86   0  2.86  0

Fe  0.00  0  0.00   0  2.86  0

Fe  2.86  0  0.00   0  2.86  0

Fe  2.86  0  2.86   0  2.86  0

Fe  1.43  0  1.43   0  1.43  0

0

4. Komórka elementarna kryształu złota

0

Komórka elementarna kryształu złota

0

Au  0.00  0  0.00   0  0.00  0

Au  4.08  0  0.00   0  0.00  0

Au  4.08  0  4.08   0  0.00  0

Au  0.00  0  4.08   0  0.00  0

Au  0.00  0  4.08   0  4.08  0

Au  0.00  0  0.00   0  4.08  0

Au  4.08  0  0.00   0  4.08  0

Au  4.08  0  4.08   0  4.08  0

Au  2.04  0  2.04   0  0.00  0

Au  2.04  0  0.00   0  2.04  0

Au  0.00  0  2.04   0  2.04  0

Au  4.08  0  2.04   0  2.04  0

Au  2.04  0  4.08   0  2.04  0

Au  2.04  0  2.04   0  4.08  0

0

Dodatkowe zbiory współrzednych

A Zbiór współrzędnych wewnętrznych pentachlorku fosforu

0

PCl5

0

Cl 0     0    0     0     0     0  0  0  0

P  2.02  0    0     0     0     0  1  0  0

Cl 2.02  0  120.0   0     0     0  2  1  0

Cl 2.02  0  120.0   0   180.0   0  2  3  1

Cl 2.14  0   90.00  0    90.00  0  2  4  1

Cl 2.14  0   90.00  0   -90.00  0  2  4  1

0

B Współrzędne wewnętrzne komórki elementarnej NaCl

0

Komórka elementarna NaCl

0

Na

Cl  2.82  0     0 0    0    0    1   0   0

Na  2.82  0  90.0 0    0    0    2   1   0

Cl  2.82  0  90.0 0    0.0  0    3   2   1

Na  2.82  0  90.0 0  180.0  0    4   3   2

Cl  2.82  0  90.0 0    0.0  0    5   4   3

Na  2.82  0  90.0 0  180.0  0    6   3   4

Cl  2.82  0  90.0 0    0.0  0    3   6   7

Na  2.82  0  90.0 0    0.0  0    2   3   8

Cl  2.82  0  90.0 0   90.0  0    1   2   3

Na  2.82  0  90.0 0    0.0  0   10   1   2

Cl  2.82  0  90.0 0    0.0  0    3   2  11

Na  2.82  0  90.0 0    0.0  0   12  11  10

Cl  2.82  0  90.0 0    0.0  0   13   4   5

Na  2.82  0  90.0 0    0.0  0   14  13  12

Cl  2.82  0  90.0 0    0.0  0    7   6  15

Na  2.82  0  90.0 0    0.0  0   16  15  12

Cl  2.82  0  90.0 0    0.0  0   17  12  11

Na  2.82  0  90.0 0   90.0  0   10  11  12

Cl  2.82  0  90.0 0    0.0  0   19  10  11

Na  2.82  0  90.0 0    0.0  0   20  11  12

Cl  2.82  0  90.0 0    0.0  0   21  20  19

Na  2.82  0  90.0 0    0.0  0   14  13  22

Cl  2.82  0  90.0 0    0.0  0   23  22  21

Na  2.82  0  90.0 0    0.0  0   24  15  16

Cl  2.82  0  90.0 0    0.0  0   25  24  21

Na  2.82  0  90.0 0    0.0  0   26  21  20

0

C Napis IBM utworzony z atomów neonu

0

Napis IBM z atomów neonu

0

Ne   0     0    0   0      0    0    0  0  0

Ne   3.0   0    0   0      0    0    1  0  0

Ne   3.0   0  180   0      0    0    2  1  0

Ne   3.0   0   90   0  180.0    0    2  1  3

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0    4  2  1

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0    5  4  3

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0    6  5  4

Ne   3.0   0   90   0    0.1    0    7  6  5

Ne   3.0   0   90   0  180.0    0    7  6  8

Ne   5.0   0  180   0  189.9    0    9  7  6

Ne   3.0   0   90   0    0.0    0   10  9  6

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0   11 10  9

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0   12 11 10

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0   13 12 11

Ne   3.0   0   90   0    0.1    0   14 13 12 

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0   15 14 13

Ne   3.0   0   90   0    0.1    0   12 11 10  

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0   17 12 11

Ne   3.0   0   90   0  180.1    0   10 11 12

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0   19 10 11

Ne   8.0   0   90   0    0.0    0   13 14 15

Ne   8.0   0   90   0    0.0    0   11 12 17

Ne   8.0   0  180   0    0.1    0   20 19 10

Ne   3.0   0   90   0  180.1    0   23 20 19

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0   24 23 20

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0   25 24 23

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0   26 25 24

Ne    12   0   90   0    0.1    0   27 26 25

Ne   3.0   0   90   0    0.0    0   28 27 26

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0   29 28 27

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0   30 29 28

Ne   3.0   0  180   0    0.1    0   31 30 29

Ne   3.0   0   90   0    0.0    0   26 25 27

Ne   3.0   0   90   0    0.1    0   29 28 30

Ne   6.0   0   90   0    0.0    0   25 26 33

0

D Macierz Z dla regularnej, przestrzennie centrowanej komórki elementarnej kryształu żelaza

0

Komórka elementarna kryształu żelaza

0

Fe 

Fe  2.86  0   0.0   0   0    0  1   0   0

Fe  2.86  0  90.0   0   0    0  2   1   0

Fe  2.86  0  90.0   0   0.0  0  3   2   1

Fe  2.86  0  90.0   0  90.0  0  4   3   2

Fe  2.86  0  90.0   0   0.0  0  5   4   3

Fe  2.86  0  90.0   0   0.0  0  6   3   2

Fe  2.86  0  90.0   0   0.0  0  7   6   5

Fe  2.48  0  35.2   0   0.0  0  8   2   3

0

E Współrzędne wewnętrzne ściennie centrowanej komórki elementarnej kryształu złota

0

Komórka elementarna kryształu złota

0

Au  0     0   0     0   0    0  0   0   0

Au  4.08  0   0.0   0   0    0  1   0   0

Au  4.08  0  90.0   0   0    0  2   1   0

Au  4.08  0  90.0   0   0.0  0  3   2   1

Au  4.08  0  90.0   0  90.0  0  4   3   2

Au  4.08  0  90.0   0   0.0  0  5   4   3

Au  4.08  0  90.0   0   0.0  0  6   3   2

Au  4.08  0  90.0   0   0.0  0  7   6   5

Au  2.88  0  45.0   0   0.0  0  1   2   3

Au  2.88  0  45.0   0   0.0  0  1   2   7

Au  2.88  0  45.0   0   0.0  0  1   4   5

Au  2.88  0  45.0   0   0.0  0  3   4   5

Au  2.88  0  45.0   0   0.0  0  2   3   6

Au  2.88  0  45.0   0   0.0  0  5   6   7

0

F Współrzędne wewnętrzne cząsteczki ferrocenu w konformacji naprzeciwległej

0

Ferrocen naprzeciwległy

0

C   0.000 0    0.000  0    0.000  0   0   0   0

C   1.390 1    0.000  0    0.000  0   1   0   0

C   1.390 1  108.000  1    0.000  0   2   1   0

C   1.390 1  108.000  1    0.000  1   3   2   1

C   1.390 1  108.000  1    0.000  1   4   3   2

XX  1.182 1   54.000  1    0.000  1   1   2   3

Fe  1.644 1   90.000  1   90.000  1   6   1   2

XX  3.289 1   90.000  1   90.000  1   6   1   2

C   1.182 1   90.000  1    0.000  1   8   6   1

C   1.390 1   54.000  1  -90.000  1   9   8   6

C   1.390 1  108.000  1    0.000  1  10   9   8

C   1.390 1  108.000  1    0.000  1  11  10   9

C   1.390 1  108.000  1    0.000  1  12  11  10 

H   0.950 1  126.000  1  180.000  1   1   2   3

H   0.950 1  126.000  1  180.000  1   2   3   4

H   0.950 1  126.000  1  180.000  1   3   2   1

H   0.950 1  126.000  1  180.000  1   4   3   2

H   0.950 1  126.000  1  180.000  1   5   4   3

H   0.950 1  126.000  1  180.000  1  10  11  12

H   0.950 1  126.000  1  180.000  1  11  12  13

H   0.950 1  126.000  1  180.000  1  12  11  10

H   0.950 1  126.000  1  180.000  1  13  12  11

H   0.950 1  126.000  1  180.000  1   9  10  11

0  

H Macierz Z przęsła molekularnego odpowiednika koła Hobermana

0

Przęsło ferrocenowe z trzpieniami z dobudowanym pierścieniem cyklopentadienylowym

0

C   0.000  0    0.000  0    0.000  0   0   0   0

C   1.390  1    0.000  0    0.000  0   1   0   0

C   1.390  1  108.000  1    0.000  0   2   1   0

C   1.390  1  108.000  1    0.000  1   3   2   1

C   1.390  1  108.000  1    0.000  1   4   3   2

XX  1.182  1   54.000  1    0.000  1   1   2   3

Fe  1.644  1   90.000  1   90.000  1   6   1   2

XX  3.289  1   90.000  1   90.000  1   6   1   2

C   1.430  1  126.000  1  180.000  1   5   4   3

C   2.656  1  126.000  1  180.000  1   5   4   3

C   4.086  1  126.000  1  180.000  1   5   4   3

C   5.316  1  126.000  1  180.000  1   5   4   3

C   6.746  1  126.000  1  180.000  1   5   4   3

C   1.390  1  126.000  1    0.000  1  13  12   1

C   1.390  1  108.000  1  180.000  1  14  13  12

C   1.390  1  108.000  1    0.000  1  15  14  13

C   1.390  1  108.000  1    0.000  1  16  15  14

XX  1.182  1   54.000  1    0.000  1  13  14  15

Fe  1.644  1   90.000  1   90.000  1  18  13  17

XX  3.289  1   90.000  1   90.000  1  18  13  17

C   1.430  1  126.000  1  180.000  1  16  17  13

C   2.656  1  126.000  1  180.000  1  16  17  13

C   4.086  1  126.000  1  180.000  1  16  17  13

C   5.316  1  126.000  1  180.000  1  16  17  13

C   6.746  1  126.000  1  180.000  1  16  17  13

C   1.390  1  126.000  1    0.000  1  25  24  15

C   1.390  1  108.000  1  180.000  1  26  25  24

C   1.390  1  108.000  1    0.000  1  27  26  25

C   1.390  1  108.000  1    0.000  1  28  27  26

XX  1.182  1   54.000  1    0.000  1  25  26  27

Fe  1.644  1   90.000  1   90.000  1  30  25  29

XX  3.289  1   90.000  1   90.000  1  30  25  29

C   1.182  1   90.000  1   0.000   1  20  18  13

C   1.390  1   54.000  1  90.000   1  33  20  18

C   1.390  1  108.000  1   0.000   1  34  33  20

C   1.390  1  108.000  1   0.000   1  35  34  33

C   1.390  1  108.000  1   0.000   1  36  35  34

0