The First Personal Journal of Chemistry: września 2019

Współrzędne wewnętrzne

Poniższe dane należy skopiować do edytora tekstowego i zapisać w pliku pod wybraną nazwą i rozszerzeniem mop np. wodor. mop. Tego typu pliki można otworzyć np. w programie 3D Viewer programu ChemSketch.

Współrzędne wewnętrzne w formacie programu MOPAC

1. Współrzędne wewnętrzne atomu wodoru:

H 0 0 0 0 0 0 0 0 0

0

2. Współrzędne wewnętrzne (macierz Z) cząsteczki wodoru:

Cząsteczka wodoru

H 0 0 0 0 0 0 0 0 0

H 0.74 0 0 0 0 0 1 0 0

3. Macierz Z dwutlenku węgla

O 0 0 0 0 0 0 0 0 0

C 1.16 0 0 0 0 0 1 0 0

O 1.16 0 180.0 0 0 0 2 1 0

4. Macierz Z (współrzędne wewnętrzne) cząsteczki wody

O 0.96 0 0 0 0 0 1 0 0

H 0.96 0 104.5 0 0 0 2 1 0

5. Macierz Z nadtlenku wodoru

Nadtlenek wodoru

H 0 0 0 0 0 0 0 0 0

O 0.95 0 0 0 0 0 1 0 0

O 1.47 0 94.8 0 0 0 2 1 0

H 0.95 0 94.8 0 115.5 0 3 2 1

6. Współrzędne wewnętrzne BF3

Cząsteczka trifluorku boru

F 0 0 0 0 0 0 0 0 0

B 1.31 0 0 0 0 0 1 0 0

F 1.31 0 120.0 0 0 0 2 1 0

F 1.31 0 120.0 0 180.0 0 2 3 1

7. Czterojonowa ściana kryształu chlorku sodu

Chlorek sodu NaCl fragment kryształu

Na 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Cl 2.82 0 0 0 0 0 1 0 0

Na 2.82 0 90.0 0 0 0 2 1 0

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 3 2 1

8. Sześcienny fragment komórki elementarnej NaCl

0Sześcienny fragment kryształu NaCl

Na 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Cl 2.82 0 0 0 0 0 1 0 0

Na 2.82 0 90.0 0 0 0 2 1 0

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 3 2 1

Na 2.82 0 90.0 0 90.0 0 4 3 2

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 5 4 3

Na 2.82 0 90.0 0 0.0 0 2 3 6

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 7 6 5

9. Współrzędne wewnętrzne cząsteczki metanu

Metan

H 0 0 0 0 0 0 0 0 0

C 1.0 0 0 0 0 0 1 0 0

H 1.0 0 109.5 0 0 0 2 1 0

H 1.0 0 109.5 0 120.0 0 2 1 3

H 1.0 0 109.5 0 -120.0 0 2 1 3

10. Cząsteczka 1,2-dichlorometanu bez atomów wodoru. Kąt dwuścienny

Fragment cząsteczki 1,2-dichloroetanu. Kąt dwuścienny K do ustalenia.

Cl 0 0 0 0 0 0 0 0 0

C 1.7 0 0 0 0 0 1 0 0

C 1.5 0 109.5 0 0 0 2 1 0

Cl 1.7 0 109.5 0 K 0 3 2 1

11. Pełny zbiór współrzędnych wewnętrznych cząsteczki ClCH2CH2Cl

Cząsteczka 1,2-dichloroetanu. Kąt dwuścienny K do ustalenia.

Cl 0 0 0 0 0 0 0 0 0

C 1.7 0 0 0 0 0 1 0 0

C 1.5 0 109.5 0 0 0 2 1 0

Cl 1.7 0 109.5 0 K 0 3 2 1

H 1.0 0 109.5 0 120 0 2 3 1

H 1.0 0 109.5 0 -120 0 2 3 1

H 1.0 0 109.5 0 120 0 3 2 4

H 1.0 0 109.5 0 -120 0 3 2 4

12. Atom pozorny XX we fragmencie cząsteczki chemicznej. Pod symbolem XX znajduje się duża litera O a nie cyfra zero.

Fragment cząsteczki z wprowadzonym atomem pozornym XX

C 0 0 0 0 0 0 0 0 0

C 1.5 0 0 0 0 0 1 0 0

N 1.4 0 120 0 0 0 2 1 0

XX 1. 0 90 0 0 0 3 2 1

O 1.4 0 90 0 180 0 3 4 2

Współrzędne kartezjańskie w formacie programu MOPAC

1. Współrzędne xyz cząsteczki wodoru

Cząsteczka wodoru

H 0.0 1 0.0 1 0.0 1

H 0.74 1 0.0 1 0.0 1

2. Fragment kryształu chlorku sodu

Sześcienny fragment kryształu NaCl

Na 0.00 0 0.00 0 0.00 0

Cl 2.82 0 0.00 0 0.00 0

Na 2.82 0 2.82 0 0.00 0

Cl 0.00 0 2.82 0 0.00 0

Na 0.00 0 2.82 0 2.82 0

Cl 0.00 0 0.00 0 2.82 0

Na 2.82 0 0.00 0 2.82 0

Cl 2.82 0 2.82 0 2.82 0

3. Komórka elementarna kryształu żelaza

Komórka elementarna kryształu żelaza

Fe 0.00 0 0.00 0 0.00 0

Fe 2.86 0 0.00 0 0.00 0

Fe 2.86 0 2.86 0 0.00 0

Fe 0.00 0 2.86 0 0.00 0

Fe 0.00 0 2.86 0 2.86 0

Fe 0.00 0 0.00 0 2.86 0

Fe 2.86 0 0.00 0 2.86 0

Fe 2.86 0 2.86 0 2.86 0

Fe 1.43 0 1.43 0 1.43 0

4. Komórka elementarna kryształu złota

Komórka elementarna kryształu złota

Au 0.00 0 0.00 0 0.00 0

Au 4.08 0 0.00 0 0.00 0

Au 4.08 0 4.08 0 0.00 0

Au 0.00 0 4.08 0 0.00 0

Au 0.00 0 4.08 0 4.08 0

Au 0.00 0 0.00 0 4.08 0

Au 4.08 0 0.00 0 4.08 0

Au 4.08 0 4.08 0 4.08 0

Au 2.04 0 2.04 0 0.00 0

Au 2.04 0 0.00 0 2.04 0

Au 0.00 0 2.04 0 2.04 0

Au 4.08 0 2.04 0 2.04 0

Au 2.04 0 4.08 0 2.04 0

Au 2.04 0 2.04 0 4.08 0

Dodatkowe zbiory współrzednych

A Zbiór współrzędnych wewnętrznych pentachlorku fosforu

PCl5

Cl 0 0 0 0 0 0 0 0 0

P 2.02 0 0 0 0 0 1 0 0

Cl 2.02 0 120.0 0 0 0 2 1 0

Cl 2.02 0 120.0 0 180.0 0 2 3 1

Cl 2.14 0 90.00 0 90.00 0 2 4 1

Cl 2.14 0 90.00 0 -90.00 0 2 4 1

B Współrzędne wewnętrzne komórki elementarnej NaCl

Komórka elementarna NaCl

Cl 2.82 0 0 0 0 0 1 0 0

Na 2.82 0 90.0 0 0 0 2 1 0

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 3 2 1

Na 2.82 0 90.0 0 180.0 0 4 3 2

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 5 4 3

Na 2.82 0 90.0 0 180.0 0 6 3 4

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 3 6 7

Na 2.82 0 90.0 0 0.0 0 2 3 8

Cl 2.82 0 90.0 0 90.0 0 1 2 3

Na 2.82 0 90.0 0 0.0 0 10 1 2

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 3 2 11

Na 2.82 0 90.0 0 0.0 0 12 11 10

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 13 4 5

Na 2.82 0 90.0 0 0.0 0 14 13 12

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 7 6 15

Na 2.82 0 90.0 0 0.0 0 16 15 12

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 17 12 11

Na 2.82 0 90.0 0 90.0 0 10 11 12

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 19 10 11

Na 2.82 0 90.0 0 0.0 0 20 11 12

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 21 20 19

Na 2.82 0 90.0 0 0.0 0 14 13 22

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 23 22 21

Na 2.82 0 90.0 0 0.0 0 24 15 16

Cl 2.82 0 90.0 0 0.0 0 25 24 21

Na 2.82 0 90.0 0 0.0 0 26 21 20

C Napis IBM utworzony z atomów neonu

Napis IBM z atomów neonu

Ne 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Ne 3.0 0 0 0 0 0 1 0 0

Ne 3.0 0 180 0 0 0 2 1 0

Ne 3.0 0 90 0 180.0 0 2 1 3

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 4 2 1

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 5 4 3

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 6 5 4

Ne 3.0 0 90 0 0.1 0 7 6 5

Ne 3.0 0 90 0 180.0 0 7 6 8

Ne 5.0 0 180 0 189.9 0 9 7 6

Ne 3.0 0 90 0 0.0 0 10 9 6

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 11 10 9

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 12 11 10

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 13 12 11

Ne 3.0 0 90 0 0.1 0 14 13 12

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 15 14 13

Ne 3.0 0 90 0 0.1 0 12 11 10

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 17 12 11

Ne 3.0 0 90 0 180.1 0 10 11 12

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 19 10 11

Ne 8.0 0 90 0 0.0 0 13 14 15

Ne 8.0 0 90 0 0.0 0 11 12 17

Ne 8.0 0 180 0 0.1 0 20 19 10

Ne 3.0 0 90 0 180.1 0 23 20 19

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 24 23 20

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 25 24 23

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 26 25 24

Ne 12 0 90 0 0.1 0 27 26 25

Ne 3.0 0 90 0 0.0 0 28 27 26

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 29 28 27

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 30 29 28

Ne 3.0 0 180 0 0.1 0 31 30 29

Ne 3.0 0 90 0 0.0 0 26 25 27

Ne 3.0 0 90 0 0.1 0 29 28 30

Ne 6.0 0 90 0 0.0 0 25 26 33

D Macierz Z dla regularnej, przestrzennie centrowanej komórki elementarnej kryształu żelaza

Komórka elementarna kryształu żelaza

Fe 2.86 0 0.0 0 0 0 1 0 0

Fe 2.86 0 90.0 0 0 0 2 1 0

Fe 2.86 0 90.0 0 0.0 0 3 2 1

Fe 2.86 0 90.0 0 90.0 0 4 3 2

Fe 2.86 0 90.0 0 0.0 0 5 4 3

Fe 2.86 0 90.0 0 0.0 0 6 3 2

Fe 2.86 0 90.0 0 0.0 0 7 6 5

Fe 2.48 0 35.2 0 0.0 0 8 2 3

E Współrzędne wewnętrzne ściennie centrowanej komórki elementarnej kryształu złota

Komórka elementarna kryształu złota

Au 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Au 4.08 0 0.0 0 0 0 1 0 0

Au 4.08 0 90.0 0 0 0 2 1 0

Au 4.08 0 90.0 0 0.0 0 3 2 1

Au 4.08 0 90.0 0 90.0 0 4 3 2

Au 4.08 0 90.0 0 0.0 0 5 4 3

Au 4.08 0 90.0 0 0.0 0 6 3 2

Au 4.08 0 90.0 0 0.0 0 7 6 5

Au 2.88 0 45.0 0 0.0 0 1 2 3

Au 2.88 0 45.0 0 0.0 0 1 2 7

Au 2.88 0 45.0 0 0.0 0 1 4 5

Au 2.88 0 45.0 0 0.0 0 3 4 5

Au 2.88 0 45.0 0 0.0 0 2 3 6

Au 2.88 0 45.0 0 0.0 0 5 6 7

F Współrzędne wewnętrzne cząsteczki ferrocenu w konformacji naprzeciwległej

Ferrocen naprzeciwległy

C 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0 0 0

C 1.390 1 0.000 0 0.000 0 1 0 0

C 1.390 1 108.000 1 0.000 0 2 1 0

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 3 2 1

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 4 3 2

XX 1.182 1 54.000 1 0.000 1 1 2 3

Fe 1.644 1 90.000 1 90.000 1 6 1 2

XX 3.289 1 90.000 1 90.000 1 6 1 2

C 1.182 1 90.000 1 0.000 1 8 6 1

C 1.390 1 54.000 1 -90.000 1 9 8 6

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 10 9 8

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 11 10 9

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 12 11 10

H 0.950 1 126.000 1 180.000 1 1 2 3

H 0.950 1 126.000 1 180.000 1 2 3 4

H 0.950 1 126.000 1 180.000 1 3 2 1

H 0.950 1 126.000 1 180.000 1 4 3 2

H 0.950 1 126.000 1 180.000 1 5 4 3

H 0.950 1 126.000 1 180.000 1 10 11 12

H 0.950 1 126.000 1 180.000 1 11 12 13

H 0.950 1 126.000 1 180.000 1 12 11 10

H 0.950 1 126.000 1 180.000 1 13 12 11

H 0.950 1 126.000 1 180.000 1 9 10 11

H Macierz Z przęsła molekularnego odpowiednika koła Hobermana

Przęsło ferrocenowe z trzpieniami z dobudowanym pierścieniem cyklopentadienylowym

C 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0 0 0

C 1.390 1 0.000 0 0.000 0 1 0 0

C 1.390 1 108.000 1 0.000 0 2 1 0

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 3 2 1

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 4 3 2

XX 1.182 1 54.000 1 0.000 1 1 2 3

Fe 1.644 1 90.000 1 90.000 1 6 1 2

XX 3.289 1 90.000 1 90.000 1 6 1 2

C 1.430 1 126.000 1 180.000 1 5 4 3

C 2.656 1 126.000 1 180.000 1 5 4 3

C 4.086 1 126.000 1 180.000 1 5 4 3

C 5.316 1 126.000 1 180.000 1 5 4 3

C 6.746 1 126.000 1 180.000 1 5 4 3

C 1.390 1 126.000 1 0.000 1 13 12 1

C 1.390 1 108.000 1 180.000 1 14 13 12

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 15 14 13

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 16 15 14

XX 1.182 1 54.000 1 0.000 1 13 14 15

Fe 1.644 1 90.000 1 90.000 1 18 13 17

XX 3.289 1 90.000 1 90.000 1 18 13 17

C 1.430 1 126.000 1 180.000 1 16 17 13

C 2.656 1 126.000 1 180.000 1 16 17 13

C 4.086 1 126.000 1 180.000 1 16 17 13

C 5.316 1 126.000 1 180.000 1 16 17 13

C 6.746 1 126.000 1 180.000 1 16 17 13

C 1.390 1 126.000 1 0.000 1 25 24 15

C 1.390 1 108.000 1 180.000 1 26 25 24

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 27 26 25

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 28 27 26

XX 1.182 1 54.000 1 0.000 1 25 26 27

Fe 1.644 1 90.000 1 90.000 1 30 25 29

XX 3.289 1 90.000 1 90.000 1 30 25 29

C 1.182 1 90.000 1 0.000 1 20 18 13

C 1.390 1 54.000 1 90.000 1 33 20 18

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 34 33 20

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 35 34 33

C 1.390 1 108.000 1 0.000 1 36 35 34

The First Personal Journal of Chemistry

Translate

piątek, 13 września 2019

58. Współrzędne wewnętrzne i kartezjańskie wybranych modeli cząsteczkowych

Współrzędne wewnętrzne

Współrzędne kartezjańskie w formacie programu MOPAC

Dodatkowe zbiory współrzednych